癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学是癌症研究中的一项技术，它旨在通过大规模蛋白质组学分析，系统性解析癌症相关蛋白的表达、翻译后修饰及相互作用网络。癌症是一种高度异质性的疾病，其发生和发展涉及基因突变、表观遗传修饰及蛋白功能异常等多层次调控。传统的癌症基因组研究主要集中在DNA和RNA水平，如癌症基因组图谱（TCGA）项目已揭示了大量与癌症相关的基因突变和基因表达变化。然而，基因水平的变化并不能完全解释癌细胞的生物学行为，例如许多癌症相关突变不会直接影响基因表达，但可能通过调控蛋白翻译、降解或翻译后修饰来发挥作用。因此，癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学项目应运而生，它弥补了基因组研究的不足并深入探索癌症蛋白质组的特征，揭示疾病的发生机制，并为精准医疗提供更可靠的分子靶点。癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学的优势在于其提供了基因组研究无法获得的蛋白质水平信息。相比基因突变或基因表达数据，蛋白质的表达和修饰状态更能直接反映癌症的生物学特征。此外，蛋白质组学技术能够揭示癌细胞的功能性变化，例如通过分析翻译后修饰模式可以识别癌症特异性的信号传导异常并找到新的治疗靶点。但是该技术也面临一些挑战，首先癌症组织的高度异质性使得不同患者的蛋白质组特征可能存在较大差异，这给数据分析和结果解释带来困难。其次，蛋白质组学研究的实验流程较为复杂，包括样品制备、质谱分析和数据处理，每个环节都可能影响数据的质量。此外，蛋白质的动态变化及其在不同亚细胞环境中的定位也是研究的一大难点，因此癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学通常需要结合多组学数据进行整合分析以提高研究的准确性和生物学意义。

一、癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学的研究方法：

1、定量蛋白质组学分析

癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学的核心方法之一是定量蛋白质组学，它用于测定癌症组织与正常组织中的蛋白质表达差异。研究人员通常采用标记方法（如SILAC、TMT、iTRAQ）或无标记方法（如DIA、SWATH-MS），高通量分析癌症样本中蛋白质的丰度变化。相比基因表达水平的变化，蛋白质的实际表达情况能够更准确地反映癌细胞的生物学行为，因此定量蛋白质组学在癌症研究中具有不可替代的价值。

2、翻译后修饰（PTM）蛋白质组学

癌细胞的异常信号传导通常与关键蛋白的翻译后修饰（PTM）密切相关，例如磷酸化、乙酰化、泛素化等。癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学特别关注磷酸化修饰，因为蛋白激酶的异常活化是许多癌症信号通路失调的关键因素。通过磷酸肽富集结合质谱分析，研究人员可以识别癌症组织中的异常磷酸化位点，解析肿瘤信号通路的激活机制，并发现新的靶向治疗策略。

3、蛋白互作组学

癌细胞的功能往往由复杂的蛋白互作网络调控，而不仅仅依赖于单个基因或蛋白的作用。癌症基因组图谱（CPTAC）蛋白质组学通过亲和纯化结合质谱（AP-MS）等方法系统性研究癌症相关蛋白的相互作用网络。通过分析蛋白复合物的组成，研究人员可以发现新的癌症驱动蛋白，并解析其在细胞信号传导、代谢调控和细胞周期控制中的作用。

百泰派克生物科技致力于为广大科研机构提供高质量的检测分析服务。我们采用先进的定量蛋白质组学、翻译后修饰组学和蛋白互作组学技术，帮助研究人员精准解析癌症相关蛋白网络，筛选潜在的生物标志物和治疗靶点。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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